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Die zweite Staffel beginnt und endet um 8 Uhr morgens und findet 18 Monate nach der ersten Staffel statt. Der nun gewhlte Prsident David Palmer reaktiviert den abgetretenen Agenten Jack Bauer, um die drohende Zndung einer Atombombe ber Los Angeles zu verhindern. Jack lebt jetzt allerdings allein und ist nach dem Tod seiner Frau Teri psychisch noch stark belastet. Das Verhltnis zwischen ihm und seiner Tochter Kim hat stark gelitten, da sie ihn fr den Tod ihrer Mutter verantwortlich macht. Die wesentlichen Handlungsstrnge umfassen:

Jack trifft bei seinem Versuch, sowohl die Explosion der Atombombe als auch den womglich darauffolgenden 3. Weltkrieg zu verhindern, auf viele neue, aber auch alt bekannte Gesichter, darunter Nina Myers. In der CTU hat er vor allem zu seinem Mitarbeiter Tony Almeida, aber auch zur neuen Kollegin Michelle Dessler ein enges Vertrauensverhltnis aufgebaut.
Kim arbeitet als Kindermdchen fr die Familie Matheson, in deren Haus sie auch wohnt. Bald erlangt sie Kenntnis von den Misshandlungen der jungen Tochter der Familie durch deren Vater und flieht zusammen mit ihr.
Als Kate, die lteste Tochter des wohlhabenden Geschftsmannes Bob Warner, Nachforschungen ber den Verlobten ihrer Schwester Marie betreibt, kommen rasch Verbindungen zum geplanten nuklearen Angriff auf. Daraufhin trifft Kate mit Jack zusammen und schafft es, dessen Vertrauen zu gewinnen.
Die CTU wird inzwischen von George Mason geleitet. Es spielen besonders die bereifrige Paula Schaeffer, die zickige Carrie Turner, der nach einem Kontakt mit Plutonium im Sterben liegende George Mason, die neue Computerexpertin Michelle Dessler, wie auch der aus der vorangegangene Staffel bekannte Tony Almeida eine Rolle. Alle zusammen untersttzen Jack bei dessen Suche nach der Atombombe und die Hintermnner der Bedrohung.
David Palmer ist nach dem Antritt seiner Prsidentschaft und der Scheidung von seiner Frau Sherry noch gestrkter als je zuvor. Zu seinen wichtigsten Beratern gehren sein Stabschef Mike Novick wie auch die tatkrftige Beraterin Lynne Kresge.
Die Terrorzelle wird von dem Terroristen Syed Ali angefhrt.
Am Anfang dieser Staffel wird die CTU Ziel eines Bombenanschlags. Anschlieend leitet Jack die Suche nach der Bombe. Zwar schafft Jack es nicht, die Atombombe zu entschrfen. Jedoch fliegt der kurz vor dem Tode stehende George Mason die Bombe in die Wste, wo sie, ohne groen Sachschaden verursachen zu knnen, explodiert. Die CTU bekommt Informationen (Zypern-Aufnahmen), welche beweisen knnen, dass 3 Staaten aus dem Nahen Osten ein Bndnis mit Syed Ali eingingen und an den versuchten Anschlag beteiligt waren. Whrend der Stab um Prsident Palmer einen Krieg gegen diese Staaten plant, stellt Jack jedoch fest, dass die Zypern-Aufnahmen eine Flschung ist und findet herraus, dass eine Verschwrergruppe, angefhrt von einem Mann namens Peter Kingsley, dahinter steckt. Am Ende der Staffel gelingt es Jack die Gruppe ausfindig zu machen, sie auszuschalten und einen Krieg zu verhindern. Nachdem Prsident Palmer eine Rede an die Nation hielt, fllt er einem Anschlag zum Opfer. Ob er es berlebt oder daran stirbt wird nicht beantwortet.