"Rebellion Alpha! beginnt damit, dass Chakotay Torres über Tuvok ausfragt. Dabei lässt Chakotay durchblicken, dass er Tuvok nicht mag. Etwas später verlassen Janeway und Tom das Schiff und Chakotay startet eine Meuterei.
Wie sich herausstellt, fand alles auf dem Holodeck statt. Immer mehr Crewmitglieder spielen das Meuterei-Programm und denken, es ist ein Holoroman. Als sich Tom als Fähnrich sich selbst als Holo-Tom gegenübersteht, bricht das Programm zum Ärger von Tom ab.
Nach dem Ende einer Besprechung mit den Führungsoffizieren, kommt Janeway auf den Holoroman zu sprechen. Sie hörte davon. Bisher wusste keiner, wer das schrieb. Tuvok gab sich als Autor zu erkennen. Er sagte aber, es ist kein Holoroman, sondern ein Trainingsprogramm für Sicherheitsoffiziere. Tuvok sah es als möglich an, dass der Maquis an Bord der Voyager meutern könnte. Doch irgendwann erkannte Tuvok, das würde nicht passieren. Er schrieb das Szenario nicht weiter und dachte, es gelöscht zu haben.
Der echte Chakotay amüsierte sich über die Meuterei mit ihm als Anführer.
Die Offiziere beschließen, das Programm weiterzuschreiben. Jeder hat neue Ideen. Als Tuvok mit Tom im Holodeck sind und die Erzählparameter aufrufen, wird das Programm plötzlich von allein fortgeführt. Eine Holo-Seska noch in Gestalt als Bajoranerin erklärt, dass die echte Seska das Programm fand und es heimlich umprogrammierte. Tuvok und Tom sind jetzt gefangen auf dem Holodeck und werden früher oder später umgebracht werden. Janeway schafft es von außen, durch eigene Eingaben Tuvok und Tom zu helfen. Seska wird besiegt, das Programm beendet.
Am Ende sitzen alle im Casino und überlegen, was man als nächstes schreiben könnte,
Chakotay: Das Thema ist mir egal, solange ich nicht wieder der Schurke bin ...